前面提到从scan中下来的数据需要用dcm2nii或者MNIConvert把原始的dcm数据转化为NifTI的hdr/img或者nii格式。再用dcm2nii转化的时候有一个选项orient，可以自动对3D数据进行方向的转换，转到与标准空间最相似的方向。在脑成像数据处理，图像的方向是非常重要的，同时也是很容易弄错的。数据处理时，一定要对数据的方向有很清楚的认识。目前常提到的方向有Neurological和Radiological两种方向。
在fsl和freesurfer的脑成像数据处理中，常常会用到sed命令，包括字符替换功能，提取文件内容等。比如说处理功能像数据的时候，经常在Feat中用一个被试的数据生成一个design.fsf，然后替换被试名字，生成所有被试的design_sub***.fsf文件，然后用for循环提交所有命令。有时候，又需要一行一行的读取某一个文件。所以sed非常实用，功能强大，但是也非常复杂，要完全掌握很难，一些常用的实用功能有必要了解，对于数据处理有很大的帮助。
在用 fsl和freesurfer处理数据的时候，除了需要看log文件是否有报错外，还常常需要check一下output文件数目是否对，复制数据和文件夹，文件和文件夹重命名等，并把这些结果输出到文本文件中。
在使用fsl过程中，经常需要根据研究的需要编写一些脚本，有一些linux下常用的命令必须熟练。今天主要介绍常用的for循环语句和if判断语句，希望对大家有所帮助。
这款软件非常适合认知神经科学领域的初学者，特别是那些转专业，并且致力于核磁共振成像研究方向(Fmri)的同学。
这款软件来自于一个收费的脑成像数据分析软件实验室。他们的主要产品是BrainVoyager QX，对MRI和EEG、MEG数据进行高级分析。该软件支持windows xp、Mac OS X、linux多个操作平台。国外有一个师兄推荐这款软件，据说处理出来的数据图像相当漂亮，无奈就是要钱，目前也没有破解版。